整个仪器设备的采购过程一般需要3～5个月不等，有的仪器甚至需要一年以上的时间，整个采购过程都严格按某一套固定的法律法规或规章制度执行。在此漫长采购期间，实验室不能根据实际需要对申报仪器参数或品类进行适当修改调整。因此，多项环节脱钩导致设备采购后不能真正满足实验室需要，要么附件及功能不全，要么操作复杂;或者走向另一个极端，档次过高，功能极大浪费;或找不到合适地方安放等，总之让技术人员和管理人员用起来很不顺手。
日常管理不完善：“重使用、轻管理”是大型仪器设备管理普遍存在现象。目前，各国家重点实验室虽然都建立了相关的大型仪器设备管理制度，但日常管理工作尚不完善，主要体现在：管理制度执行力度与检查监督力度不够;仪器保养维护不足、实验室环境不佳和安全措施不完善;缺少对外宣传交流，开放程度偏低;甚至出现仪器损坏后迟迟不维修致使仪器使用寿命缩短;技术人员无证上岗操作不当导致设备提前报废等严重现象。
